國家海洋局第三海洋研究所（簡稱海洋三所），創(chuàng)建于1959年, 隸屬于國家海洋局，為國家公益類綜合型海洋科學研究機構。主要從事海洋生物、化學、地質、動力、遙感、聲學、環(huán)境與生態(tài)、極地與深海科學、全球變化科學等學科的研究與應用。

截至2017年12月，海洋三所有在職職工450余人，其中，中國工程院院士1人，享受政府特殊津貼專家18人，入選國家“百千萬人才工程”2人，入選福建省“百千萬人才工程”4人，廈門市拔尖人才4人，副高級職稱以上人員160余人，具有博士學位人員160余人；是國務院學位委員會批準的碩士學位授予單位，擁有6個碩士學位授予點，并與清華大學、中國科技大學等高校聯(lián)合招收博士研究生，并建有博士后科研工作站，先后與美、德、法、日等30多個國家以及我國臺灣、香港等地區(qū)的有關機構建立了交流與合作關系。出版中國自然科學核心期刊《應用海洋學學報》。
海洋三所擁有4大研究領域，16個研究方向，12個研究部門（含2個國家海洋局重點實驗室），以及面向服務經(jīng)濟社會建設為主的國家海洋生物資源綜合用工程技術研究中心、廈門海洋工程勘察設計研究院等。目前，海洋三所正在積極籌建漳州科技興?；?、北海基地等機構。海洋三所在海洋生物技術與資源開發(fā)、海洋-大氣化學與全球變化研究、海洋生態(tài)系統(tǒng)與環(huán)境保護、臺灣海峽與熱帶邊緣海應用海洋學等主要領域的研究獨具特色，居國內先進水平。由我所新建的、國內最先進的4500噸級海洋綜合科學考察船“向陽紅03”船自2016年3月建成并投入使用以來，建立了整套的管理制度及運行管理人員，至今已圓滿完成了多個綜合調查航次任務。

海洋三所持有《質量管理體系認證證書》、《資質認定計量認證證書》，《建設項目環(huán)境影響評價資質證書》（甲級）、《海域使用論證資質證書》（甲級）、《工程勘察證書（海洋工程勘察綜合類）》（甲級）、《工程咨詢證書（生態(tài)建設和環(huán)境工程）》（乙級）、《工程咨詢證書（港口河海工程》（乙級）、《地質勘查資質證書（海洋地質調查）》（乙級）、《地質勘查資質證書（固體礦產(chǎn)勘查）》（乙級）、《測繪資質證書》（甲級）等各類技術服務資質證書。